Die Sontheimer Höhle ist mit jährlich ca. 300 überwinternden Fledermäusen das bedeutenste natürliche Fledermauswinterquartier auf der Schwäbischen Alb.

Bisher konnten 13 verschiedene Fledermausarten festgestellt werden, zum Beispiel das Große Mausohr (myotis myotis) oder das braune Langohr (plecotus auritus).

Um die winterschlafenden Fledermäuse im Winterhalbjahr nicht zu stören, ist die Sontheimer Höhle jährlich vom 01. November bis zum 30. April geschlossen.

Die beste Zeit für den Besucher, die Fledermäuse in der Höhle anzutreffen, ist kurz vor oder nach dem Winterhalbjahr.